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Flora

I bassi fondali dello Stagnone ospitano una ricca vegetazione marina costituita prevalentemente dalla Posidonia oceanica, nota volgarmente come "Triscina" , fanerogama adattatasi all'ambiente sommerso, dotata di robusti rizomi per l'ancoraggio al fondale e di lunghe foglie nastriformi.
Questa specie forma qui caratteristiche formazioni ad atollo, che costituiscono un ecosistema di soggetti a continue inondazioni e ricoperti da uno spesso strato di cloruro di sodio, sono colonizzati dalla Salicornia amplessicaule, rara pianticella erbacea che forma qui popolamenti quasi puri; le zone più interne dei pantani e delle saline abbandonate ospitano invece una vegetazione più fitta composta da suffrutici con foglie succulente come la Salicornia radicante e la Salicornia glauca, alle quali si accompagnano specie erbacee come l'Erba franca annua e la Spergularia marina. Nelle aree rocciose più rialzate vivono altre specie anch'esse comunque legate ad habitat salmastri, come il caratteristico Limonastro cespuglioso, lo Sparto steppico, lo Statice densifloro. Numerosi sono gli invertebrati legati a questo ambiente, alcuni dei quali esclusivi dello Stagnone, come tre specie di molluschi nudibranchi recentemente scoperte ed alcune specie di spugne.
Nelle acque più a ridosso della costa la vegetazione sommersa è costituita dalla rara Zostera marina, mentre i canali delle saline e le paludi salmastre sono caratterizzati da ricchi popolamenti di Ruppia maritima della sottospecie spiralis


Tra le specie floreali più importanti troviamo il pino d'Aleppo, l'
Agave, la palma nana, la canna di bambù (Isola Grande), la Calenduia maritima, che in Europa cresce solo qui e in Spagna, la salicornia (dal fusto carnoso), la Scilla Marittima, dai fiori bianchi stellati, il giglio marino ed i giunchi.